En la mitología inca y preinca, Huacachina era la laguna creada por una hermosa princesa que se bañaba cuando fue sorprendida por un cazador. Huyó, dejando atrás su estanque de agua que se convirtió en la laguna, y su manto que fluyó se convirtió en las dunas circundantes. La palabra 'Huacachina' deriva del quechua para 'mujer llorona' o 'mujer de la laguna'.
A principios del siglo XX, Huacachina se convirtió en un destino turístico de moda para la élite limeña, que construyó elegantes villas de vacaciones alrededor del oasis. Varios hermosos edificios de la época colonial sobreviven de esta época dorada.
El oasis ha sido amenazado por la expansión del riego agrícola en el desierto circundante, que extrae del mismo acuífero que alimenta la laguna. El nivel del agua ha caído significativamente a lo largo de las décadas.
